Dans le cadre administratif actuel, les régions n'ont pas de compétences particulières dans la gestion de l'eau ; toutefois par l'intermédiaire des CPER (contrat de projets État-région), elles peuvent y contribuer financièrement au travers des 9èmes programmes des Agences de l'eau et des programmes de mesures des SDAGE.

L'effort principal concerne surtout l'agriculture, avec une réduction notoire des prélèvements d'eau, des fertilisants, et des produits phytosanitaires, et un soutien, tout aussi notoire, à l'agriculture biologique ou à bas intrant.

Il faut dynamiser le fonctionnement des SAGE, dont les responsabilités sont étendues par les SDAGE qui viennent d'être adoptés. La sensibilisation de nos concitoyens est un élément qui conditionne le succès de la politique de l'eau à ce niveau, c'est pourquoi il faut favoriser l'engagement des associations, partenaires relais des Agences de l'eau, dans les SAGE, en les aidant financièrement.
Les thèmes à populariser sont nombreux : opérations zéro pesticide, protection des zones humides, taux d'étagement des rivières et continuité écologique, circulation des migrateurs, trame verte et bleue...

Pour la défense de la qualité de l'eau potable, et selon les orientations du Grenelle de l'Environnement, des captages prioritaires ont été désignés dans lesquels des politiques de protection des bassins versants seront conduites, et impliqueront des changements de pratiques agricoles. La sensibilisation des acteurs sera un élément déterminant de la réussite de cette politique. Les associations, partenaires relais des Agences de l'eau, devront prendre leur part à cette action, et là aussi des aides financières régionales sont indispensables si l'on veut accroître l'efficacité associative.